Dopo una mancata qualificazione alla fase finale dei 200m nel campionato italiano, Filippo Magnini annuncia il suo ritito con delle parole semplici ma sentite: «Saluto il nuoto, è il momento di lasciare, a 35 anni ho fatto tutto quello che dovevo e spero anche un pezzo di storia». In effetti, il nuoto italiano degli ultimi 14 anni passa anche dal talento straordinario di Magnini, a partire dal bronzo conquistato ai giochi olimpici di Atene nel 2004, nei 4×200 stile libero.
Negli anni successivi, Filippo domina i campionati europei vincendo 2 bronzi, 4 argenti e 6 ori, l’ultimo nei 100m stile libero in Ungheria nel 2012. Quattro, invece, i successi ai campionati del mondo: i due ori conquistati nei 100m stile libero nel 2005 e 2007, anno in cui Filippo conquista un argento anche nei 4×200 m stile libero. Infine, una medaglia di bronzo agli ultimi mondiali di Russia nel 2015.